Doanh nghiệp bỏ sót hóa đơn đầu vào của kỳ trước: xử lý thế nào? |

DOANH NGHIỆP BỎ SÓT HÓA ĐƠN ĐẦU VÀO CỦA KỲ TRƯỚC: XỬ LÝ THẾ NÀO?

Cuối năm rà soát sổ sách, nhiều doanh nghiệp phát hiện còn một số hóa đơn đầu vào của các tháng, quý trước chưa kê khai. Vậy doanh nghiệp phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ phát sinh hay được kê khai vào kỳ phát hiện, được thực hiện trong thời hạn bao lâu và trong trường hợp nào không được điều chỉnh?

1. Được khai bổ sung trong thời hạn 05 năm và trước khi có quyết định thanh tra, kiểm tra

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 (có hiệu lực từ ngày 01/7/2026) quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót được khai bổ sung như sau:

“… trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác của kỳ tính thuế có sai, sót …”

“… Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra …”

Theo quy định này, người nộp thuế được khai bổ sung trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai, sót. Thời hạn này ngắn hơn thời hạn 10 năm tại Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 trước đây. Một trong các trường hợp được khai bổ sung là khai trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

Như vậy, hóa đơn đầu vào bỏ sót của kỳ trước vẫn có thể được xử lý nếu còn trong thời hạn 05 năm và chưa có quyết định thanh tra, kiểm tra đối với kỳ đó. Đối với nội dung đã thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp không còn khai bổ sung theo cách này mà bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế.

2. Hóa đơn bỏ sót chỉ làm tăng số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ chuyển kỳ sau thì khai vào kỳ phát hiện, không phải lập hồ sơ khai bổ sung

Theo khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác quy định như sau:

“Điều 12. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác

…

Người nộp thuế khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế, khoản thu khác có sai, sót thuộc các trường hợp quy định tại khoản 1, 2, 3, 4 và 5 Điều này như sau:

a) Người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a, b, c khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế thực hiện khai bổ sung cho kỳ phát sinh sai, sót. Trường hợp việc khai bổ sung làm tăng số thuế, khoản thu khác phải nộp hoặc giảm số thuế, khoản thu khác đã được miễn, giảm, hoàn thì người nộp thuế phải nộp đủ số tiền phải nộp tăng thêm hoặc số tiền đã được miễn, giảm, hoàn và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có); trường hợp việc khai bổ sung làm giảm số thuế, khoản thu khác phải nộp thì người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp và xử lý số tiền thuế, khoản thu khác nộp thừa (nếu có) theo quy định. Trường hợp việc khai bổ sung làm tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ chuyển kỳ sau thì người nộp thuế khai số thuế chênh lệch tăng, giảm vào kỳ phát hiện sai, sót. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

Riêng trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì thực hiện kê khai theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng;

b) Người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm d và điểm đ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế thực hiện theo quy định tại điểm a khoản này và bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

…”

Theo quy định này, cách xử lý hóa đơn đầu vào bị bỏ sót phụ thuộc vào việc khai bổ sung làm thay đổi số thuế như thế nào:

– Khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn: khai bổ sung cho kỳ phát sinh sai, sót, nộp đủ số tiền tăng thêm và tiền chậm nộp (nếu có).

– Khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp: khai bổ sung cho kỳ phát sinh sai, sót, được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp và xử lý số tiền nộp thừa (nếu có) theo quy định.

– Khai bổ sung làm tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ chuyển kỳ sau: khai số thuế chênh lệch tăng, giảm vào kỳ phát hiện sai, sót.

– Khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn: chỉ được thực hiện khi chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

Như vậy, trường hợp doanh nghiệp bỏ sót hóa đơn giá trị gia tăng đầu vào của kỳ trước mà việc kê khai chỉ làm tăng số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ chuyển kỳ sau thì khai số chênh lệch vào kỳ phát hiện sai, sót, không phải lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ phát sinh. Theo hướng dẫn trên cổng thông tin của Thư viện Pháp luật, doanh nghiệp kê khai số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị bỏ sót vào chỉ tiêu [38] trên Tờ khai 01/GTGT của kỳ phát hiện sai, sót. Ngược lại, nếu việc kê khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp của kỳ phát sinh hoặc làm tăng số thuế đề nghị hoàn thì áp dụng các trường hợp còn lại nêu trên.

Cụ thể, đối với việc kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót, khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP dẫn chiếu thực hiện theo pháp luật thuế giá trị gia tăng. Doanh nghiệp cần đối chiếu thêm quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP về điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Ngoài ra, theo điểm b khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm d và điểm đ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế vẫn thực hiện khai bổ sung theo điểm a nhưng bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Vì vậy, doanh nghiệp nên chủ động rà soát và khai bổ sung sớm, trước khi có quyết định thanh tra, kiểm tra.

3. Kỳ phát hiện sai, sót được xác định theo kỳ khai thuế tháng hoặc quý của doanh nghiệp

Theo khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định về kỳ tính thuế giá trị gia tăng, đối tượng khai thuế giá trị gia tăng theo quý gồm:

“- Người nộp thuế thuộc diện khai thuế giá trị gia tăng theo tháng nếu có tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống thì được lựa chọn khai thuế giá trị gia tăng theo quý….”

Theo quy định này, doanh nghiệp có doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống được lựa chọn khai thuế theo quý; các trường hợp còn lại khai thuế theo tháng, trừ trường hợp khai theo từng lần phát sinh. Người nộp thuế có trách nhiệm tự xác định mình thuộc đối tượng khai thuế theo tháng hay theo quý.

Như vậy, “kỳ phát hiện sai, sót” là tháng hoặc quý mà doanh nghiệp phát hiện hóa đơn bị bỏ sót, tùy kỳ khai thuế doanh nghiệp đang áp dụng. Ví dụ, doanh nghiệp khai thuế theo quý, phát hiện trong quý IV/2026 một hóa đơn đầu vào của quý II/2026 chưa kê khai và việc kê khai chỉ làm tăng số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau thì khai số chênh lệch vào Tờ khai 01/GTGT của quý IV/2026.

4. Kết luận

Doanh nghiệp phát hiện bỏ sót hóa đơn đầu vào của kỳ trước vẫn được xử lý nếu còn trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai, sót và chưa có quyết định thanh tra, kiểm tra, theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025. Theo khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, nếu việc kê khai chỉ làm tăng số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ chuyển kỳ sau thì doanh nghiệp khai số chênh lệch vào kỳ phát hiện sai, sót mà không phải lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ phát sinh; nếu việc điều chỉnh làm tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế phải nộp hoặc liên quan đến số thuế đề nghị hoàn thì phải khai bổ sung cho kỳ phát sinh và xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp theo quy định. Hóa đơn vẫn phải đáp ứng điều kiện khấu trừ theo pháp luật thuế giá trị gia tăng.

KHUYẾN NGHỊ CỦA LUẬT 3S:

[1] Đây là Bài viết khái quát chung về vấn đề pháp lý mà quý Khách hàng, độc giả của Luật 3S đang quan tâm, không phải ý kiến pháp lý nhằm giải quyết trực tiếp các vấn đề pháp lý của từng Khách hàng. Do đó, bài viết này không xác lập quan hệ Khách hàng – Luật sư, và không hình thành các nghĩa vụ pháp lý của chúng tôi với quý Khách hàng.

[2] Nội dung bài viết được xây dựng dựa trên cơ sở pháp lý là các quy định pháp luật có hiệu lực ngay tại thời điểm công bố thông tin, đồng thời bài viết có thể sử dụng những kiến thức hoặc ý kiến của các chuyên gia được trích dẫn từ nguồn đáng tin cậy (nếu có). Tuy nhiên, lưu ý về hiệu lực văn bản pháp luật được trích dẫn trong bài viết có thể đã thay đổi hoặc hết hiệu lực tại thời điểm hiện tại mà mọi người đọc được bài viết này. Do đó, cần kiểm tra tính hiệu lực của văn bản pháp luật trước khi áp dụng để giải quyết các vấn đề pháp lý của mình hoặc liên hệ Luật 3S để được tư vấn giải đáp.

[3] Để được Luật sư, chuyên gia tại Luật 3S hỗ trợ tư vấn chi tiết, chuyên sâu, giải quyết cho từng trường hợp vướng mắc pháp lý cụ thể, quý Khách hàng vui lòng liên hệ Luật 3S theo thông tin sau: Hotline: 0363.38.34.38 (Zalo/Viber/Call/SMS) hoặc Email: info.luat3s@gmail.com

[4] Dịch vụ pháp lý tại Luật 3S:

Doanh nghiệp bỏ sót hóa đơn đầu vào của kỳ trước: xử lý thế nào?

03

Th11